อังเกลาสมรสครั้งแรกใน ค.ศ. 1977 กับนายอุลริช แมร์เคิล (Ulrich Merkel)[17] ทั้งคู่หย่าร้างกันในปีค.ศ. 1982 แต่นางยังคงใช้นามสกุลแมร์เคิลต่อไป[18] นางสมรสครั้งที่สองในปีค.ศ. 1998 กับโยอาคิม เบาเออร์ (Joachim Sauer) ศาสตราจารย์ด้านควอนตัมนิวเคลียร์[19] นางเลือกที่จะใช้ชีวิตอยู่ในอะพาร์ตเมนต์ของเบาเออร์แทนที่จะพำนักในอาคารสำนักนายกรัฐมนตรี แมร์เคิลไม่มีลูก แต่ศาสตราจารย์เบาเออร์มีลูกชายสองคนซึ่งเกิดกับภรรยาคนเก่า[20] แมร์เคิลเคยถูกสุนัขกัดใน ค.ศ. 1995 ทำให้เธอกลัวสุนัขตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา[21]